1ère réaction (élimination du cholestérol non-LDL) :
Lorsqu'un échantillon est mélangé avec le Réactif Enzymatique Coloré (R1), les polyanions et le surfactant amphotérique protègent les LDL des réactions enzymatiques.
La cholestérol estérase (CHE) et la cholestérol oxydase (CO) réagissent avec les lipoprotéines non-LDL [chylomicrons (CM), lipoprotéines de très faible densité (VLDL) et HDL].
Le peroxyde d'hydrogène produit par les réactions enzymatiques avec le cholestérol non-LDL est décomposé par la catalase du Réactif Enzymatique Coloré.    

2ème réaction (réaction colorée du LDL cholestérol) :
Lorsqu'on ajoute la Solution Réactive (R2), le réactif protecteur est écarté des LDL et la catalase est inactivée par l'azide de sodium (NaN3).
Dans cette seconde étape, la CHE et la CO ne réagissent qu'avec le cholestérol LDL.
Le peroxyde d'hydrogène produit par les réactions enzymatiques avec le cholestérol LDL forme un complexe coloré par condensation oxydative avec la N-(2-hydroxy-3-sulfopropyl)-3,5-diméthoxyaniline (HDAOS) et la 4-aminoantipyrine (4-AA) en présence de peroxydase (POD).
En mesurant l'absorbance du complexe coloré bleu produit, à environ 600 nm, on peut calculer la concentration du cholestérol LDL dans l'échantillon en comparant avec l'absorbance du Calibrateur cholestérol LDL.